根據國務院學位委員會學科評議組審核《授予博士、碩士學位和培養研究生的學科、專業目錄》,生物醫學工程(083100)只設一級學科,不分設二級學科,但各高校可結合學科發展方向自主設置二級學科,東南大學在生物醫學工程一級學科下自主設置神經信息工程、生物信息技術、醫學影像與醫學電子學、生物醫學納米技術、生物醫學材料與器件等5個二級學科。
1、神經信息工程:研究學習的規律,研究學生如何有效地從原有知識和能力,向新知識和能力的轉移。
2、生物信息技術:實現生物技術和信息技術以及其他學科的有機結合,發展生物信息高通量、高效、快速的提取方法,發展疾病檢測的新方法和新技術,發展研究藥物與靶標作用的新方法,發展基因組數據、蛋白質組數據和結構基因組數據的計算機處理、分析和可視化方法,解析生物大分子結構和功能之間關系等,提高生物信息處理、分析和利用的水平,爲我國生命科學和生物技術的源頭創新奠定基礎。
3、醫學影像與醫學電子學:醫學圖像處理和分析、計算機輔助診斷和治療、醫學物理等,以及生物、醫學和工程學等領域理論和方法,並通過這些學科的交叉形成了新型學科。
4、生物醫學納米技術:包括納米生物材料、納米生物器件研究、納米生物技術在臨床診療中的應用、納米材料與器件的計算模擬。
5、生物傳感芯片與生物醫學器件:生物醫用材料研究,用于人體、器官的診斷、修複、替換或增進其功能。